インボイス経過措置が2026年10月から70%に縮小｜実務チェックリスト

2026年9月30日をもって、インボイス制度の経過措置は「80%控除」の期間が終わります。翌10月1日からは控除できる割合が70%に下がり、免税事業者（インボイス未登録の事業者）と取引する課税事業者の実質負担が、これまでより増えることになります。この記事では、何がどう変わるのかを整理したうえで、実質負担増の計算例、免税事業者側の選択肢、そして今のうちに確認しておきたい実務チェックリストをまとめます。

2026年10月に何が変わるか

インボイス制度では、適格請求書発行事業者（登録事業者）以外からの仕入れは、原則として仕入税額控除の対象外です。ただし制度導入による急激な負担増を避けるため、免税事業者など登録番号を持たない事業者からの仕入れであっても、一定期間・一定割合を仕入税額として控除できる経過措置が設けられています。そのスケジュールが、次の表のとおりです。

2026年9月30日で「80%控除」の期間が終わり、10月1日からは70%に下がります。当初は2026年10月から50%へ引き下げられる予定でしたが、令和8年度税制改正により緩和され、2028年9月30日までは70%が維持されることになりました。50%への引き下げは2028年10月1日から、30%への引き下げは2030年10月1日からと、以後は段階的なスケジュールになっています。

あわせて2026年10月1日以降は、同一の取引先（一の適格請求書発行事業者以外の者）からの課税仕入れ合計額（税込）がその年・その事業年度で1億円を超える場合、超えた部分は経過措置の対象外（控除不可）となる上限も設けられました（改正前の基準は10億円）。多くの個人事業主・フリーランス規模の取引では該当しにくいですが、特定の未登録の外注先への支払いが大きい事業者は確認しておく必要があります。

この経過措置は「買い手側がどれだけ仕入税額控除を受けられるか」という制度であり、免税事業者自身の申告・納税に直接影響するものではありません。ただし、控除できる割合が下がるほど、免税事業者との取引にかかる買い手側の実質的なコストは増えていきます。

実質負担増はいくらになる？計算例で確認

具体的にどれだけ負担が増えるのか、免税事業者へ税込110,000円（消費税相当額10%）を支払うケースで確認します。消費税相当額は、支払額に含まれる消費税分を割戻し計算（税込×10÷110、端数は切り捨て）で求めます。

控除割合が80%から70%に下がることで、控除できない額（実質負担増）は2,000円から3,000円へ、1,000円増えます。この差は取引の頻度・金額に応じて積み重なります。例えば同じ免税事業者に毎月300,000円（税込）を継続的に外注している場合、消費税相当額は月27,272円、控除できない額は80%期で月5,455円・70%期で月8,182円となり、年間では約32,724円の差（月あたり2,727円 × 12か月）が生じる計算です。

金額や取引時期を変えて自分のケースで試算したい場合は、無料の「インボイス経過措置シミュレーター」にその場で入力して確認できます。

課税事業者側にできること

控除割合の縮小そのものは事業者側で止められる変化ではありませんが、事前に把握し備えることはできます。

• 影響額の把握: 免税事業者への支払い総額と、控除割合の変化による実質負担増を試算しておきます。
• 取引先の登録状況の確認: 主な外注先・仕入先が適格請求書発行事業者かどうかを、あらためて確認します。
• 会計処理の更新: 会計ソフトや経理フローで経過措置の控除率を扱っている場合は、2026年10月1日以降の取引から70%に切り替わるよう設定・運用を見直します。
• 取引条件の見直し（必要な場合）: 実質負担増を踏まえて価格や取引条件を見直す場合は、独占禁止法・下請法の観点から、免税事業者であることを理由にした一方的な取引条件の変更にならないよう注意が必要です。

免税事業者側の選択肢

免税事業者側から見ると、この経過措置の縮小は「登録するかどうか」をあらためて考える一つのきっかけになります。選択肢は大きく次の2つです。

• 登録して課税事業者になる: 適格請求書を発行できるようになり、取引先は控除割合を気にせず仕入税額控除を受けられます。一方で消費税の申告・納税の事務が新たに必要になります。負担軽減策として知られる「2割特例」（納税額を売上税額の2割にできる特例）は2026年9月30日までの日を含む課税期間で終了しますが（個人事業者は令和8年分まで）、令和8年度税制改正により、個人事業者に限り納税額を売上税額の3割とできる措置が令和9年分・令和10年分の2年間設けられることになっています。適用要件の詳細は国税庁の公表資料でご確認ください。
• 登録せず免税事業者のままでいる: 消費税の申告・納税は不要なままですが、取引先の仕入税額控除には経過措置による制限がかかり続けます。主な取引先が一般消費者や免税事業者であれば、影響は比較的小さくなります。

どちらが良いかは、主な取引先の構成や売上の見通し、事務負担への対応力によって変わります。判断のための詳しいチェックリストは、関連記事「免税事業者のままでいい？インボイス登録の判断基準2026」で解説しています。

実務チェックリスト

2026年10月1日を迎える前に、確認しておきたい項目をまとめました。

• 免税事業者（登録番号を持たない取引先）への支払いを洗い出したか
• 経過措置の適用要件（区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存、帳簿への経過措置適用の記載）を満たしているか
• 同一の未登録事業者からの年間の課税仕入れ合計額（税込）が1億円を超えないか（超える場合、超過部分は経過措置の対象外）
• 会計ソフト・経理フローの控除率設定を、2026年10月1日以降の取引から70%に更新したか
• 実質負担増の金額を把握し、価格交渉や取引継続の判断材料にできているか
• 取引条件を見直す場合、独占禁止法・下請法上問題のある一方的な変更になっていないか
• 免税事業者側の取引先には、登録の要否を検討する時間的余裕をもって周知したか
• 経理・請求書処理の担当者に、控除割合の変更を共有したか

よくある質問

Q. 70%への変更は、免税事業者自身の消費税申告に影響しますか？

A. 直接の影響はありません。経過措置はあくまで「買い手（課税事業者）側がどれだけ仕入税額控除を受けられるか」という制度で、免税事業者自身の申告・納税義務とは別の話です。

Q. 経過措置の適用に何か手続きは必要ですか？

A. 特別な届出は不要ですが、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等を保存し、帳簿に経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載するなど、通常の仕入税額控除とは別の要件を満たす必要があります。詳細は国税庁の公式情報でご確認ください。

Q. 2026年10月1日をまたぐ取引はどちらの割合になりますか？

A. 課税仕入れを行った日（原則として資産の譲渡等を受けた日）がどちらの期間に属するかで判定します。月をまたぐ請求など判断に迷うケースは、国税庁の公式情報や税理士に確認することをおすすめします。